為進一步加強問題線索管理和處置，普洱市紀委多舉并取，有效促進了線索管理制度化、規范化、科學化，形成了標準嚴格、處置及時、程序規范的問題線索管理機制。
完善線索集中統一管理制度。對反映同級黨委管理干部的問題線索由案件監督管理室集中管理。信訪室收到的反映同級黨委管理的干部問題線索，提出擬辦意見報經分管信訪工作的領導審批后交案件監督管理室，案件監督管理室根據職責分工，逐一登記、分辦到各紀檢監察室和干部監督室。辦案、巡視發現的線索以及司法、審計部門移送的線索，統一由案件監督管理室簽收，提出擬辦意見報經分管案件監督管理室的領導批準后逐一分辦。案件監督管理室牽頭建立反映領導干部問題線索信息管理數據庫，由各紀檢監察室、干部監督室每月書面報告線索辦理情況，案件監督管理室及時更新管理臺賬，隨時掌握辦理動態，在每月底匯總辦理進展情況報紀檢監察機關負責人審閱，同時，將其中信訪舉報件涉及反映領導干部問題線索的處置和辦理情況送信訪室參閱。
建立“日清、周轉、月報、季結”的線索管理制度?！叭涨濉保盒旁L室、案件監督管理室建立工作臺賬，對收到的問題線索在當日內進行認真登記、完整記錄，提出分辦建議報分管領導，紀檢監察室、干部監督室每天清理工作進展情況?！爸苻D”：信訪室每周將涉及領導干部問題線索的信訪舉報件轉案件監督管理室，案件監督管理室每周向紀檢監察室、干部監督室分辦一次問題線索。“月報”：紀檢監察室、干部監督室每月將線索辦理情況書面送案件監督管理室匯總后，向書記辦公會報告一次問題線索辦理進展情況；對新收到的線索按照中央紀委規定的五類處置方式和標準，經集體排查后提出處置建議經分管領導審核后提交書記辦公會審定。“季結”：紀檢監察室、干部監督室在規定時限內完成立案、初核、談話函詢等辦理工作，并在每季度內辦結“清零”，特殊情況在規定時限內無法完成的，按程序報批后適當延期；堅持每季度清理排查一次問題線索，及時進行分類處置，做到動態“清零”。紀檢監察機關的其他部門涉及問題線索辦理工作時，也按照上述程序和制度開展工作。
建立定期提交紀律審查情況報告制度。全市各級紀檢監察機關定期對線索管理、處置情況進行匯總分析，加強動態監管，充分發揮線索在紀律審查中的重要作用。按照干部管理權限，實行分級負責，包括信訪舉報件，在辦案、巡視等工作中發現，司法、審計部門移送以及上級機關或領導批示交辦的問題線索。并做到紀委主要領導要親自抓、負總責，專題研究部署；分管領導要具體負責，組織紀檢監察室、案件監督管理室、信訪室逐一對賬，徹底清理，不留死角，做到數字清、情況明、分類準、工作實。