根據統一部署，2016年5月中旬至7月中旬，云南省委10個巡視組對省委宣傳部、省委機關事務管理局、云南中醫學院等29個省直單位開展了巡視工作，共發現各類問題371個，發現問題線索61件（其中涉及省管干部34件）。8月15日至9月1日，省委各巡視組陸續向29家被巡視單位反饋巡視情況，并提出整改要求。
巡視發現，29個單位普遍存在黨的領導弱化、全面從嚴治黨“兩個責任”落實不到位，重業務、輕黨建、重大事項決策機制執行不好，財務管理不規范、部分領域存在較大廉潔風險和“四風”問題屢禁不絕、干部作風存在不嚴不實情況等共性問題。
黨的領導弱化、全面從嚴治黨責任落實不到位主要表現在：黨的領導核心作用發揮不夠，對歸口管理聯系單位的領導、管理和監督不到位。兩個責任”落實不到位，重業務、輕黨建現象突出，基層黨組織建設薄弱，黨建意識不強、組織生活不規范。全面從嚴治黨要求落實不到位，抓大事議大事能力不足，對重點人、重點事、重點問題的監督存在盲區。
部分單位執行中央八項規定精神和省委實施辦法力度不夠，“四風”問題依然存在。辦公用房超標準、公務接待不規范等現象時有發生。違規發放津補貼或獎金、虛報套取資金、超預算支出“三公經費”等問題依然存在，有的甚至違規占用外單位車輛，部分領域存在較大廉潔風險。部分單位課題經費管理不規范，存在課題經費使用“福利化”的現象。
一些單位在干部選拔任用方面不夠規范，干部輪崗交流沒有形成制度。部分單位對干部的管理失之于寬、失之于軟，監督流于形式，管理松散、紀律松弛、作風不嚴不實問題依然存在。少數領導干部工作缺乏統籌性，作風不實，擔當精神不足問題突出，個別領導干部“官本位”思想嚴重，存在機關化、行政化傾向。
巡視組在巡視反饋中要求，被巡視單位要認真對照省委巡視組提出的要求及相關具體問題，明確整改措施、責任領導、責任單位和進度，認真抓好落實。對不按要求整改或整改落實不力的，將嚴肅追究相關人員的責任，省委巡視工作領導小組將適時對整改落實情況開展監督檢查。被巡視單位紛紛表示，將結合“兩學一做”學習教育，認真對照省委巡視組指出的問題，逐條逐項抓好巡視整改工作，確保各項整改任務件件有著落、事事有回音。