駐省教育廳紀檢組著力健全對中央、省委重大決策部署執行情況定期檢查和專項督查制度、紀律保障機制，堅持問題導向，瞄準高校自主招生、工程建設、合作辦學等重點領域中的權力尋租問題，以及開展“兩學一做”學習教育、整治“為官不為”“亂作為”、整治“四風”回頭看、高校授課紀律等重點工作任務，深入開展專項紀律檢查，確保黨的路線方針政策和省委決策部署得到貫徹落實。
盯意識形態，開展黨章黨規進課堂學習教育活動專項紀律檢查。結合“兩學一做”學習教育，深入8所高校，開展黨管意識形態工作專項紀律檢查。檢查領導干部聽課、評課制度，了解思想政治理論課教育教學情況，牢牢把握意識形態工作的領導權、主導權。檢查教材編制、出版審核關，審核檢查校報期刊、雜志簡報、校園網站等媒介，及時發現教學科研、講座論壇、輿論宣傳等方面苗頭傾向性問題，教育引導干部師生增強政治敏感性和政治鑒別力，自覺抵制錯誤言論，嚴明政治紀律，維護政治安全。
盯巡視整改，開展高校巡視整改專項紀律檢查。對2016年省委巡視組巡視的11所高校開展督查，及時指出整改工作存在的問題，指導督促高校落實巡視整改任務和要求。同時，針對巡視發現的突出問題，集中3個月的時間，開展高校選人用人、津補貼發放、招標投標專項整治。據統計，在專項整治中，省教育廳直屬25所高校共發現問題158個，已完成整改134個，發現違紀線索7條，初核違紀線索7件，問責8人，糾正違規資金624.13萬元。
盯難點任務，開展“全面改薄”工作專項紀律檢查。為確保中央全面改善貧困地區義務教育薄弱學?；巨k學條件目標任務的完成，重點檢查了2016年3月教育廳約談的昭通市、大理州、普洱市、紅河州4個進度落后州市，先后赴13個縣（市、區）、51所學校，通過實地查看、聽取匯報、查閱資料、訪談了解，發現工作不足并提出要求。同時，下發責令整改通知書和《關于對全面改薄工作專項紀律檢查的情況通報》，明確不能完成目標任務的將再次約談直至進行問責處理，有效推進項目實施進度。
盯重點工作，開展脫貧攻堅、精準扶貧工作專項紀律檢查。為確保《云南省加強教育精準扶貧行動計劃任務分解方案》的貫徹落實，組成2個檢查組，通過聽取匯報、查閱工作臺賬和座談等方式，檢查了8所高校和省教育廳結對的瀘水縣上江鎮大練地村、新建村精準扶貧工作情況，召開檢查情況現場反饋會，指出存在的問題并下達《扶貧工作的責令整改通知書》，督促按期完成整改任務。
盯重點領域，開展委廳直屬單位財務管理專項紀律檢查。為進一步規范委廳直屬事業單位財務管理制度，加強對財經紀律執行情況的監督，促進源頭治腐和領導干部廉潔自律，組成4個組，對省招生考試院等12個廳直屬單位，通過查閱賬目、原始票據等方式，發現違反“三重一大”議事決策制度、物資采購不規范等6個方面的9個問題，責成相關單位進行整改。
盯熱點問題，開展普通高校招生考試專項紀律檢查。為確保普通高校招生考試陽光運行，配合省招生考試院組成工作組，深入8所院校，通過招生簡章的審核、回避制度的落實、招考信息的公開等措施開展招生錄取專項檢查。聯合省招生考試院，省教育廳發展規劃處等職能處室，對11所學校涉嫌違規行為進行集體約談，要求各學校嚴格執行招生工作政策和紀律，對違規招生行為立即進行糾錯整改；要求省教育廳相關職能部門切實履行招生考試、招生計劃、辦學審核、教學管理的主體責任，不斷完善監管措施，共同營造良好有序的招生環境。