玉溪市委開展減稅降費及優化營商環境專項巡察發現，市政務服務管理局、市發展改革委、市生態環境局、市住建局、市民政局等單位在減稅降費及優化營商環境工作中，存在站位不高，履職不到位，形式主義、官僚主義及違反中央八項規定精神等問題。這些問題，充分反映出這些單位全面從嚴治黨“兩個責任”壓得不實，部分黨員領導干部“四個意識”樹得不牢、敷衍塞責、推諉扯皮、不知敬畏、心存僥幸、頂風違紀等問題依然存在。
玉溪市委堅定扛起全面從嚴治黨主體責任。針對存在問題，市政務服務管理局黨組、市發展改革委黨組、市生態環境局黨組、市住建局黨組、市民政局黨組決心知恥后勇，以肅清秦光榮流毒為契機，深刻剖析，舉一反三，公開曝光自身存在的問題，并向社會承諾，迅速行動、研究措施，堅決抓好整改，接受社會和群眾監督。
一、工作落實不力、牽頭責任不到位問題。2018年7月至2019年10月，玉溪市政務服務管理局1年多均未召開專題會議研究優化營商環境工作。制定進一步優化營商環境的若干意見工作任務分解表照抄照搬，將“跨境經濟合作區”“邊境經濟合作區”“加快口岸通關便利化”等與全市情況不相符的內容進行任務分解。市發展改革委作為降低實體經濟企業成本聯席會議召集單位，“聯席會議半年召開一次，一年不少于兩次”的要求未抓實。2019年1月至10月，“一部手機辦事通”APP上線試運行以來，系統注冊用戶達10萬余人，但業務辦理量只有0.9萬件。2018年6月至2019年11月，市醫療保險參保網上經辦系統投入使用，全市參保單位7627家，使用系統進行業務辦理的有93家，使用率1.2％。
二、對中介機構的監管缺失問題。玉溪市政務服務管理局、市市場監督管理局、市國資委等相關部門在整治中介機構亂收費行為工作中相互推諉，沒有發揮牽頭或責任部門作用，審批過程中介環節多、收費多。玉溪研和工業園區裝備制造產業標準廠房建設項目從立項到工程完工，中介服務收費24項，行政事業性收費和政府性基金各1項，共收費365萬元，占工程投資額的6％。中石油連接線道路工程，中介服務收費19項，行政事業性收費和政府性基金各1項，共收費197萬元，占工程投資額的5.3％。云南省玉溪市興化紙業有限公司在辦理不動產權籍數據入庫時，測繪中介公司出具的材料問題較多，告知不明確，企業反復修改5次才完成辦理。
三、動物衛生監督機構違規轉嫁費用問題。玉溪市紅塔區農業農村局要求云南玉溪鳳凰生態食品有限責任公司自籌資金建設非洲豬瘟檢測實驗室，購買兩臺豬瘟檢測設備和檢測試劑對非洲豬瘟烈性傳染疫病進行檢測，該公司以每25頭100元的標準向養殖戶收取抽檢費。
四、原玉溪市環保局違規使用下屬協會經費問題。2009年9月，玉溪市環境產業保護協會投資成立玉溪市毓德環境工程評估有限公司，開展環境咨詢評估業務，至2017年營業收入累計達到898.14萬元，其中315.13萬元上交玉溪市環境產業保護協會。2012年6月至2013年1月，原市環保局使用玉溪市環境保護產業協會經費購買運動服裝、生日購物卡等發放給干部職工，共計2.87萬元。
五、玉溪市房管局違規使用下屬協會經費報銷差旅費問題。2015年至2019年，市房管局多名領導干部參加省內外房地產協會組織的學習、交流、考察等活動，在玉溪市房地產協會報銷差旅費，共計34.13萬。
六、玉溪市民政局及業務主管（指導）單位對行業協會監管不到位的問題。玉溪市房地產業協會、玉溪市旅游行業協會、玉溪市個體私營經濟協會未按期進行換屆，行業協會自身管理混亂，存在行業協會與行政機關未完全脫鉤、明脫暗不脫、強制入會、強制收費、行業協會經營性獲利、行業協會會費（經費）成為行業主管部門“小金庫”等問題。