自2019年以來，云南建投集團黨委認真梳理巡視巡察發現的存在普遍性、傾向性、突出性的問題，在集團范圍內深入開展自查自糾，形成了項目“以包代管”、備用金清理管理、內部工程款拖欠清收、農民工工資支付、高速公路管理等五類問題清單，持續開展“五類專項整治”，注重在病根上下藥，在整改上動真格，在措施上出硬招，推動巡察整改提質增效，切實做實巡察整改“后半篇文章”。
開展項目“以包代管”專項整治。印發《“以包代管”專項檢查存在問題及整改要求》，以“全面清理、從嚴整治、發現一起、整治一起、杜絕‘以包代管’行為”為工作總目標，要求所屬二級單位主要領導親自負責，直面問題，深挖根源，堅決清理“以包代管”。經過專項整治，招投標、合同簽訂、結算管理、付款管理、材料管理五方面問題綜合整改率達87%，并已納入企業年度資產經營責任主要考核內容。
開展農民工工資支付專項整治。嚴格按照國家、省市和各級政府農民工實名制及工資支付的管理規定，制定《云南建投集團關于貫徹落實農民工實名制及工資支付管理實施細則》，從招投標、工資保證金等方面入手，開發農民工實名制管理系統，實現農民工考勤人臉識別、保險到人、工資到卡，成為全國首個建筑施工企業全鏈路勞務管理數字平臺。
開展內部工程款拖欠清收專項整治。成立內部清欠專項治理領導小組，制定工作方案，分解目標，落實責任，內外部結算兩手抓，建立內部清欠工作長效管理機制。截至2020年底，協調解決集團物流公司、混凝土公司等單位工程款清收，有效解決內部拖欠問題，降低集團資產負債率。
開展備用金清理專項整治。下發《關于依法依規抓好個人借款整改落實的通知》《關于進一步加強個人借支款管理的暫行辦法》，要求所屬單位嚴格按“前賬不清、后賬不借”的原則對備用金、個人借支款加強管理。同時指導督促集團所屬二級單位結合實際，研究制定現金管理辦法、內部控制制度、財務管理制度、差旅費管理制度等一系列規范性制度，從制度源頭加強防范。
開展高速公路管理專項整治。集團黨委對集團投資建設的高速公路項目，全面清理和解決工程管理中存在的問題和短板，對在建高速公路生產、質量管理突出問題開展專項治理，全力破解當前高速公路生產、質量管理重難點問題，提升管理水平和責任意識。截至2020年12月，6條“能通全通”高速公路順利通車，建成通車里程448.94公里，中老高速萬萬段提前13個月通車，15條高速公路順利開工，確保了云南省重大基礎設施項目、民生工程的全面推進。