挪用公款罪侵害的法益是公共財物的使用收益權，貪污罪侵害的法益是公共財物的所有權，二者的主要區別在于行為人主觀上是否具有非法占有公款的目的。
《關于懲治貪污罪賄賂罪的補充規定》明確規定：“挪用公款數額較大不退還的，以貪污論處。”最高人民法院、最高人民檢察院《關于執行〈關于懲治貪污罪賄賂罪的補充規定〉若干問題的解答》規定：“不退還，既包括主觀上不想還的，也包括客觀上不能還的。不退還，使被挪用的這部分公款遭到不可彌補的損失，這種行為應‘以貪污論處’，定為貪污罪。”
判斷挪用公款是否轉化為貪污，不能只憑行為人客觀上不能退還公款就簡單定性為貪污，而應當按照主客觀相一致的原則，通盤考慮客觀行為、行為人經濟狀況、公款風險狀態及收益處置等因素，綜合分析判斷，而非簡單以行為人供述的個人意圖為定案根據。從行為人的客觀行為來看，如果行為人有部分歸還款項的行為或者切合實際的計劃，則更能體現其挪用的意圖；如果行為人采取平賬、銷賬等掩飾隱瞞證據的行為，則更能體現其非法占有的目的。