在充分發揮自身積極性、主動性、創造性基礎上，要注重把握和處理好四種關系，努力形成系統集成、協調高效的派駐監督體制機制。
1.派駐機構監督責任與駐在單位黨組（黨委）主體責任的關系。一是根本目標一致。主體責任和監督責任的目的都是推動全面從嚴治黨和黨風廉政建設，監督責任是監督推動主體責任的落實，兩者從根本上來說是一致的，不是對立關系，監督責任履行好了是給主體責任加分而不是減分。對此，派駐機構和駐在單位黨組（黨委）都要有正確認識。二是職責分工不同。黨組（黨委）履行主體責任是對駐在單位全面從嚴治黨和黨風廉政建設負總責，全面領導和抓好各項工作，并自覺接受派駐機構的監督。派駐機構根據派出機關授權，履行全面從嚴治黨監督責任，履行監督執紀問責和監督調查處置職責，工作的著力點在于推動駐在單位各級黨組織落實主體責任，不能包辦代替黨組（黨委）應盡的責任，不承擔駐在單位黨組（黨委）履行主體責任的日常工作。三是二者應同向發力。落實主體責任是落實監督責任的基礎，主體責任履行好了可以為履行監督責任創造良好的條件，落實監督責任是落實主體責任的保障，監督責任履行好了可以推動和促進主體責任的全面落實。只有主體責任、監督責任協調配合、同頻共振、一起努力，才能推動全面從嚴治黨向縱深發展，營造風清氣正的政治生態。
2.派駐機構與駐在單位內設紀檢機構的關系。一是指導督促駐在單位內設紀檢機構履職盡責。根據中央紀委國家監委有關規定，對駐在單位內設紀檢機構提出的處分意見進行把關。可要求駐在單位內設紀檢機構每半年報告一次工作，每年聽取一次主要負責人述職，對履職不力的主要負責人開展約談。制定問題線索督辦工作規定，認真督辦問題線索。二是支持駐在單位內設紀檢機構執紀審查工作。針對駐在單位內設紀檢機構普遍存在查辦案件經驗少、審查調查能力不強、相關保障不充分的客觀實際，通過線索分析、案件指導、協助查詢、審理咨詢、組織培訓、抽調鍛煉、協調相關部門支持等方式，指導其做好監督執紀工作。三是駐在單位內設紀檢機構協助配合派駐機構工作。開展處分決定執行情況監督檢查、受處分黨員干部回訪教育等工作，組織駐在單位全系統內設紀檢機構共同開展，壓實內設紀檢機構責任。
3.派駐機構與派出機關相關部門的關系。派出機關相關部門根據職能職責，加強對派駐機構的指導、聯系、服務和保障。
一是監督檢查部門協助分管領導聯系派駐機構日常工作：指導督促派駐機構履行職責；對派駐機構請示報告的問題、事項進行審核把關；對派出機關交辦的重要案件、事項進行督促辦理；辦理派駐機構提請支持、協調的重要事項；向派駐機構通報駐在單位領導班子及其成員、駐在單位上級黨委管理的其他人員的一般性問題和談話提醒、批評教育、責令檢查、誡勉談話等情況；聯系開展其他工作。二是派出機關相關部門會同派駐機構聯合開展以下監督工作：開展專項檢查，推動駐在單位落實黨中央決策部署；研判駐在單位政治生態，有針對性地開展監督；開展專題調查研究，查找分析利用公共權力和資源設租尋租、離職后違規從業等行業性、系統性廉潔風險，向駐在單位提出意見建議或者督促開展專項治理；支持配合派出機關同級黨委巡視巡察機構開展工作，對整改情況進行監督；推動駐在單位落實紀檢監察建議；其他需要聯合開展的監督工作。三是派出機關監督檢查部門、審查調查部門對于派駐機構管轄的重大、復雜案件，經批準可以直接辦理或者組織、指揮辦理。四是派出機關相關部門指導、協調派駐機構與地方紀律檢查委員會監察委員會協作開展工作。五是派出機關相關部門組織、指導各派駐機構之間協作配合開展工作。
4.派駐機構與地方紀委監委的關系。在派出機關相關部門的指導、協調下，派駐機構與地方紀委監委可協作開展以下工作：協同開展專項檢查、專項監督，推動解決有關系統和領域的突出問題；協作采取監督檢查、審查調查措施；協商確定駐在單位黨員、干部以及監察對象涉嫌違紀和職務違法、職務犯罪案件的管轄，或者由派駐機構報請派出機關指定有關地方紀委監委管轄；聯合審查調查駐在單位黨員、干部以及監察對象涉嫌違紀和職務違法、職務犯罪案件；其他需要協作開展的工作。開展審查調查工作，有時需要地方紀委監委協助查詢、調取、聯系相關單位；地方紀委監委有時也需要通過紀檢監察組協調駐在單位。開展聯合審查調查，由于派駐機構沒有留置場所，人員力量有限，所以調查職務犯罪案件一般都要聯合地方紀委監委共同開展審查調查工作，使用地方紀委監委的留置場所；或將涉嫌職務犯罪的問題線索移交地方紀委監委，由其開展監察調查，由派駐機構開展紀律審查。具體做法有兩種：一種是由派駐機構牽頭開展審查調查工作，地方紀委監委抽調人員予以支持，協助采取有關審查調查措施，共同完成紀律審查和監察調查工作。另一種是由派駐機構負責紀律審查，地方監委負責監察調查，重要案件由派駐機構派工作組協助地方監委開展監察調查，兩個單位既分工又協作，一體推進審查調查工作。審查調查工作中，涉及駐在單位所屬單位的調查取證一般由派駐機構人員牽頭負責，地方紀委監委同志牽頭負責涉及地方單位的調查取證，充分發揮各自優勢，以提高審查調查效率和質量。