《公務員法》第五十七條規定，“處分決定機關認為對公務員應當給予處分的，應當在規定的期限內，按照管理權限和規定的程序作出處分決定”。因該規定過于概括，在給予公務員處分時，一些問題不好把握。
（一）監察機關對僅擔任黨內職務的行政機關領導成員公務員給予撤職或開除處分時，是否需要報請本級政府批準
僅擔任行政機關黨組（黨委）成員、紀委書記、紀檢組長或政治部主任等黨內職務的公務員，根據《行政監察法》第二條規定，屬于同級監察機關的監察對象，監察機關有權對他們進行調查和處理。根據《黨政領導干部選拔任用工作條例》第三十五條、第四十四條規定，上述人員由本級黨委直接作出任免決定，不需要向本級政府提名、由本級政府任免。
據上所述，根據《行政監察法》第二十四條“作出監察決定或者提出監察建議的，應當按照國家有關人事管理權限和處理程序的規定辦理”的規定，擬給予上述人員撤職或開除處分的，監察機關應當向本級黨委提出處分意見，經本級黨委批準后，由監察機關下達監察決定；擬給予降級以下處分的，由監察機關直接作出監察決定，報本級黨委備案。也就是說，給予上述人員處分，不需要報請本級政府批準。
值得注意的是，關于不設區的市、縣、自治縣公安局根據工作需要設置的主管政治工作的政治委員，以及各級公安機關政治部（處）主任等職務，有的地方是作為黨內職務由黨委直接任免的，而有的地方是由黨委向政府提名由政府任免的，故在處理時應根據其任免程序，相應決定是否需要報請本級人民政府批準或備案。
（二）已被判處刑罰的公務員向法院或檢察院提出申訴的，是否需要待受理申訴的法院或檢察院作出駁回申訴或不予抗訴決定后，再追究其政紀責任
公務員受到刑事處罰，特別是被判處有期徒刑宣告緩刑、拘役、管制或單處附加刑的，個別地方或部門以罪犯不服已經生效的判決、裁定向法院或檢察院提出申訴為由，既不及時對其作出開除處分決定，又不執行中央組織部、人力資源和社會保障部、監察部、國家公務員局《關于公務員被采取強制措施和受行政刑事處罰工資待遇處理有關問題的通知》“公務員受到刑事處罰，處分決定機關尚未作出開除處分決定的，從人民法院判決生效之日起，取消原工資待遇”的規定，更有甚者還突擊為其辦理退休手續，意圖幫助其逃避追究。
根據《公務員法》和《行政機關公務員處分條例》第十七條第二款規定，上述做法是錯誤的，應予以嚴肅糾正；對處分決定機關未及時作出開除處分決定的，應嚴格執行《關于公務員被采取強制措施和受行政刑事處罰工資待遇處理有關問題的通知》的規定，從法院判決生效之日起，取消被判刑公務員的原工資待遇。
（三）對部門與地方雙重管理的領導成員公務員違紀問題，協管方有無處分權限
根據《黨政領導干部選拔任用工作條例》和中央組織部《關于干部雙重管理工作若干問題的通知》的規定，對部門與地方雙重管理的領導成員公務員，由主管方承擔懲戒職責，因此協管方一般無處分權限。
值得注意的是，根據最高人民法院《人民法院監察工作條例》第三十三條規定，以及最高人民檢察院《人民檢察院監察工作條例》第六十一條、第六十二條規定，審判機關、檢察機關作為其下級機關領導成員公務員的干部協管方，對下級機關領導成員公務員違紀問題具有處分權限；根據國務院《關于做好省級以下國土資源管理體制改革有關問題的通知》和全國人大常委會法工委《關于省級以下國土資源部門正職領導人的任免的法律詢問答復意見》以及《行政監察法》第十六條規定，實行上級主管部門管理為主、地方協助管理雙重管理體制的市、縣國土資源主管部門領導成員公務員，屬于同級監察機關的監察對象，同級監察機關和作為干部主管方的上級主管部門對其均有處分權限。