元代監政官“達魯花赤”的信物
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元明清三朝，中央王朝以堅決的態度消滅了云南地方割據政權，將全國統一的政治制度推行到滇。云南從元朝開始，徹底結束了長期分裂獨立的歷史。與此同時，有鑒于云南少數民族眾多、言語隔閡、經濟落后等實際情況，中央王朝又在云南普遍建立了“以夷治夷”的土司制度。這時，云南出現了以中央王朝主控監察為主體的多重、嚴密的監察制度。同時，科舉制度的推行，使云南越來越多的士人得以“射策入仕”，加入全國統一的政治活動，從而產生了不少風清氣正的監察官吏。
元朝在云南設立“行中書省”，簡稱“行省”或“省”。它是全國統一的地方第一級行政機構。行省之下的少數民族和邊遠地區，則委任當地民族頭領為“土官”，開始實行土司制度。同時，又將皇族宗室分封到滇，協助鎮守和監控云南。從而形成省、土司和封王三重政治、軍事體系，互相監督和制約。此外，元朝還在包括云南在內的各路、府、州、縣行政機關以及諸多重要部門設有“達魯花赤”一官，本義是鎮守者、制裁者、掌印者。有如近現代的中央特派員，負責監督各級地方官和某些行業主管官。
元代中央主控監察機關仍為御史臺，長官為“御史大夫”，從一品大員。地方設“行御史臺”，作為中央御史臺的派出機關。全國分為22道監察區，各區先后設立“提刑按察司”和“肅政廉訪司”，常駐地方，監察各道所屬地方官吏。
至元二十年（1283），云南設立“肅政廉訪司”，長官為廉訪使二員，副使二員等。至元二十四年（1287）撤銷。至元二十年（1283）三月，云南設立提刑按察司，主管刑獄和監察。次年（1284）春，當云南等地的按察官向元世祖忽必烈辭行赴任時，忽必烈語重心長地告誡他們說：“諸位到了那里，要把朝廷的政策明確地宣示到那里。切莫貪圖財物。有了好名聲，財物也會隨之而來。反之，如果私下只追求財物，就必然會丟掉自己的名聲，甚至連性命也難保了！”至元二十七年（1290），設立“云南諸路行御史臺”，與云南按察司合署辦公。臺官共四員，稱監察御史，“每歲巡歷州縣，糾察官吏，詢求民瘼”。次年（1291），改“提刑按察司”為“肅政廉訪司”，和流動的監察御史共同肩負著云南的監察工作。
明清中央主控監察機關改稱都察院，“主糾察內外百官之司”。都察院設左、右都御史、副都御史和僉都御史。下設若干“道”監察御史，負責地方監察。言諫方面，在中央吏、禮、戶、兵、刑、工六部分設都給事中1人，左、右都給事中各1人，給事中若干人，坐部辦公，史稱“六科給事中”。六科給事中與各道監察御史合稱“科道”。科道官雖然官秩不高，但他們直接受命于皇帝，有獨立行使糾舉、彈劾之權。因此，對科道官的選用和處罰也十分嚴格。如明朝規定“凡御史犯罪加三等，有贓從重論”。各省除設立民政、軍政機構外，還設立提刑按察司，專掌刑獄和監督。下轄若干“分巡道”，定期派員監察州縣的經濟和治安工作。人們習慣把按察司稱為“廉訪”和“臬司”，稱按察使為“臬臺”。 因為“臬”有“準繩”“尺規”之意，希望他們都是“正繩正矩”的好官。巡撫、總督最初是皇帝派出的臨時和流動的監察大員，后來才演變為一省地方大員。此外，明朝地方還駐有宗室和軍功封王、鎮守太監等，他們也具有監視地方行政的特權。
洪武十五年（1382），云南首先設立“布政司”和“都指揮司”兩大民政和軍政機構。洪武二十九年（1396）設立提刑按察司，置按察使1員，副使2員，僉事4員。他們“總理憲綱之事，兼任分巡察舉之責”。“按察司”最初在昆明縣衙內辦公。
經成化二年（1466）和六年（1470）兩次修建，規模不斷擴大，地址在昆明市慶云街。衙內除了辦公、居室外，還建有關押罪犯的監獄等。據載，當時選為云南按察官者，多為“清廉直諒，德望老成”者，他們在云南“勵風俗，平冤滯，踣邪佞，獎俊賢”，使云南“法令明肅，政化大行，合境無事，民以晏然”“使一方之人曉然知惡之不可為，法之不可犯”。盡管詞語難免有所夸張，但也較為真實地反映了這一制度建立的重要性和影響。
明中央向云南派出“巡撫”，始于永樂二年（1404），在昆明崇正門內建立巡撫衙門。隨著地方社會秩序好轉，曾一度召回巡撫。成化十八年（1482），再派都御使程宗巡撫云南。成化二十年（1484），重修巡撫衙門，其主要廳堂題為“正己”和“寧邊”，強調了云南監察官必須以身作則和安定邊疆的宗旨！a同時，巡撫程宗也奉命留在云南。清朝的巡撫已變為各省主管民政的地方大員，但提刑按察司卻一直保持它原有的職責。晚清云南按察司正門左右兩邊，高懸著兩塊粉底黑邊的木牌，一塊大書“懲治貪官污吏”；一塊大書“處理冤枉軍民”，宣示著反腐倡廉，為民請命的決心！
土司制是漢唐“羈縻”政治的繼承和發展。元明清三朝，在行省一級和靠內地區堅決實行和中原一致的政治制度，派流官管制。同時，在少數民族聚居和邊遠地區則實行土司制。在行省與州縣之間設立“宣慰司”，其下設“宣撫司”“安撫司”“長官司”等等，委任當地少數民族首領世襲為官，史稱“土流兼治”“參用土人”“以土酋為官”。據有關專家統計，明代云南共有“宣慰司”等土司332家。清代各類土司共計1779名。土司首領是“朝廷命官”，必須接受朝廷的監控，必須負責本屬的朝貢和納賦。但在其管轄范圍，又具有至高無上的權力。土司按本民族的習慣法治理民眾，考量和監察官吏。
首先，云南各級土官必須得到朝廷頒發的誥敕、印章、符節等正式文件，方可任職或遷升。土司世襲一般在血親和婚姻系統內進行，也必須得到朝廷的認可。中央政府對土司的政治素質有一定的要求。如，明朝規定，土司如有相互仇殺、殘害軍民、不遵法令、越省嫁娶、勾結外夷者，則不準承襲為官。清朝進一步對土司襲職做出了嚴格規定。如襲職者必須年滿15歲，必須“親身赴京”接受承襲儀式；犯罪土司的親子不得承襲。晚清，還特別重視承襲土司文化知識的培養和考核。
其次，在職土司必須接受國家監察制度的管制，只是不同朝代處罰的寬嚴不同。
如，元朝規定，土司“宜從本俗權職以行”，“諸內郡官仕云南者，有罪依常律。土官有罪，罰而不廢”，只要不是反叛朝廷的重罪，只處罰該土司本人，不影響其親屬承襲，甚至對知罪悔過的土司也不追究。如，元朝延祐元年（1314）下詔：“湖廣、云南邊境諸蠻，相互仇殺，擄掠人口。如能悔過自新，即與免罪。”明清兩朝對土司的監察和處罰趨嚴。如，清朝所有土司都和流官一樣必須接受監察，除了“反叛必誅”外，對仇殺傷害、擄掠人財、害人謀官、包庇壞人等違法亂紀的土司，也要視其罪行大小，分別處以死刑、充軍、降職、革職等。土司在其轄地“臨民領土”，擁有軍隊，形同西周封王。其下屬官吏由土司自己委任。一般設有師爺1~2人，往往為有文化的漢人，負責辦理文案、交際等事。還設有管家、老總、差頭、侍衛等，負責管理財產、軍隊、民眾等事務。還設有負責宗教、文化活動的神職人員等。土司對其官吏的考核和監察沒有成文法規，更多依靠傳自祖先的習慣法、宗教法以及主管土司的好惡和感覺等。例如，涼山彝族土司中設有“德古”一職，負責調解民事糾紛和刑事案件。他們通曉習慣法，能言善辯。當地民眾要求他們斷案公正，使人心服口服。但是，他們并不享有終身“德古”之任。“只要有一次斷案不公，就算是自動免職。無人再請他了。”
總之，元明清三朝，從中央到云南各少數民族地區形成了更加嚴密、相互重疊、具有民族特色的監察網絡。