《中華人民共和國監察法》第三十四條明確規定了監察機關與公安機關、檢察機關等偵查機關對互涉案件的處理原則，即偵查機關在工作中發現公職人員涉嫌貪污賄賂、失職瀆職等職務犯罪問題線索，應當移送監察機關，由監察機關依法調查處置；被調查人既涉嫌職務犯罪，又涉嫌其他犯罪的，一般應當由監察機關為主調查，偵查機關予以協助。監察機關與偵查機關互涉案件辦理程序等問題需要依照上述規定，結合《中華人民共和國刑事訴訟法》和相關司法解釋以及紀檢監察機關審查調查、審理實踐認真研究并予以規范。
監察機關與偵查機關互涉案件限于主體同一型互涉，即同一主體既實施了職務犯罪，又單獨或與他人共同實施了普通犯罪；或者同一主體既實施了普通犯罪，又同時系職務犯罪的共犯。需要指出的是，職務犯罪和普通犯罪并非同一主體實施，但犯罪事實之間有較強的牽連關系的事實互涉型案件，雖然不屬于《中華人民共和國監察法》第三十四條第二款規定的互涉案件，但監察機關與偵查機關在調查、偵查中應當按照《中華人民共和國憲法》第一百二十七條第二款和《中華人民共和國監察法》第四條第二款的規定互相配合，協同完成調查、偵查工作。
依照《中華人民共和國監察法》第三十四條第二款、《監察機關監督執法工作規定》第六條、第六十九條和《中央紀委國家監委立案相關工作程序規定（試行）》第二十四條等規定，監察機關與偵查機關互涉案件主要有分案辦理、并案辦理兩種辦理模式。
分案辦理，又稱分別管轄，是指監察機關、偵查機關分別對依法屬于其管轄的職務犯罪、普通犯罪案件進行調查、偵查，且一般以監察機關為主調查，偵查機關協助的辦理模式。監察機關與偵查機關互涉案件采用分案辦理模式，調查、偵查終結前，監察機關應當與偵查機關協商，并與檢察機關溝通，確定并案審查起訴的檢察機關及相關事宜。
實踐中，一些地方監察機關在調查職務犯罪問題過程中發現被調查人還涉嫌普通犯罪線索的，是在將涉嫌職務犯罪問題移送檢察機關審查起訴后，再將普通犯罪線索移送偵查機關，其中有的是在移送偵查機關前由監察機關先行一并查清基本犯罪事實，有的則尚未查明基本犯罪事實，無論是哪種情況，均屬于監察機關、偵查機關各自辦理，相互之間基本沒有協同，不屬于監察機關、偵查機關互涉案件分案辦理模式。需要指出的是，采取這種辦理模式，如需同級檢察機關并案審查起訴，在不考慮檢察機關審查起訴階段改變管轄致使審查起訴期限重新計算的情況下，偵查機關需在檢察機關審查起訴期限內偵查終結并移送審查起訴，相應偵查時間較為緊張，且因監察機關、偵查機關相互之間溝通不夠，可能會對證據收集調取特別是證據之間的相互印證帶來很大挑戰，故實踐中對職務犯罪事實與普通犯罪事實之間有較強牽連關系的案件，不宜采取這種模式；對職務犯罪事實與普通犯罪事實之間沒有牽連關系的案件，一般也不宜采取這種模式。
并案辦理，又稱合并管轄，是指監察機關對依法屬于其管轄的職務犯罪和偵查機關管轄的職務犯罪或者普通犯罪案件一并進行調查的辦理模式。其中：（1）涉及檢察機關管轄的司法工作人員利用職權實施的非法拘禁罪、非法搜查罪、刑訊逼供罪、暴力取證罪、虐待被監管人罪、濫用職權罪、玩忽職守罪、徇私枉法罪、私放在押人員罪、失職致使在押人員脫逃罪，以及民事、行政枉法裁判罪，執行判決、裁定失職罪，執行判決、裁定濫用職權罪和徇私舞弊減刑、假釋、暫予監外執行罪等14個罪名的，鑒于司法工作人員均屬于公職人員、上列犯罪均屬于職務犯罪，依照《中華人民共和國監察法》第三條、《中華人民共和國刑事訴訟法》第十九條第二款、《監察機關監督執法工作規定》第六條第二款和最高人民檢察院《關于人民檢察院立案偵查司法工作人員相關職務犯罪案件若干問題的規定》，可以由監察機關一并調查，并在調查終結后將全部犯罪事實移送檢察機關審查起訴。若檢察機關已經立案偵查，經溝通認為全案由監察機關管轄更為適宜的，檢察機關應當撤銷案件，將案件和相應職務犯罪線索一并移送監察機關。（2）涉及公安機關管轄的普通犯罪，若并案調查更為適宜的，監察機關可以將普通犯罪問題與職務犯罪問題一并調查，必要時可以請公安機關提供協助。需要指出的是，若公安機關已立案偵查的，鑒于公安機關不宜以案件由監察機關辦理為由撤銷案件，故監察機關不宜采取并案辦理模式；若普通犯罪涉及其他非監察對象的共犯的，鑒于監察機關不能對該共犯采取留置措施等原因，監察機關對該部分人員一般不宜并案辦理，而應采取分案辦理模式，由公安機關依法辦理。（周巖）